Podle legendy daroval kostelu svatého Mikuláše vysoce postavený hrabě, který se na Dunaji u Inzellu ocitl ve smrtelném nebezpečí na vodním plavidle (prkně nebo Zille) a byl zachráněn obyvateli Inzellu. Dr. Benno Ulm jej uvádí jako "románský venkovský kostel" vedle dalších 6 dosud existujících kostelů na Dunaji a datuje jej do roku 1155. Na současné stavbě jsou však ještě patrné jednotlivé raně gotické pozůstatky, které naznačují zděnou kapli z poloviny 13. století. První mikulášská kaple však pravděpodobně pochází z mnohem starší doby. Badatelé se domnívají, že byla založena jako misijní kaple kostela svatého Štěpána v Hartkirchenu z Pasova nebo Kremsmünsteru v nejstarších dobách.

Kostel patřil pasovské diecézi až do založení diecéze linecké v roce 1784. V roce 1791 měl být na základě vládního nařízení uzavřen. Faráři Schreinerovi se však podařilo dosáhnout zrušení uzavření kostela. V roce 1791 byl kostel předán lineckou diecézí farnosti Haibach ob der Donau, protože tehdejší farář Silvester Meyer jej odmítl převzít.
Kostel svatého Mikuláše je zasvěcen svatému Mikuláši, patronu námořníků.