Pozdně gotická stavba z roku 1490 tvoří největší část stavby dnešního kostela. Nad dveřmi do zákristie je zazděn nápis o zasvěcení vytesaný do kamene a datovaný do roku 1490. Pozoruhodné je, že se jedná o jeden z prvních kostelních nápisů v němčině a gotickém písmu.

Kostel byl zasvěcen svatému Janu Křtiteli a biskupu Mikuláši. V roce 1784 byl vládním nařízením císaře Josefa II. Aschach povýšen na samostatnou farnost. Baronizace pozdně gotického kostela začala již předtím. Barokní kupole byla přistavěna již v roce 1750.

V roce 1693 došlo k události, která dala kostelu krásný další inventář. V tomto roce došlo k další povodni. Dva lodníci objevili těžký dřevěný kříž s namalovaným ukřižovaným Kristem a vynesli ho na břeh. Nemocný Stefan Mitterbauer se o umělecké dílo postaral a nechal ho zrenovovat. Během této práce se zcela uzdravil. Své uzdravení spojil s křížem. Díky tomu dostal název "Dunajský kříž" nebo "zázračný kříž". Když byl v roce 1701 zcela restaurován a opatřen barokní výzdobou, dostal své místo nad hlavním oltářem.