Císař Jindřich II. (973/1002-1024) z bavorské větve Ottonů byl jediným německým císařem, který byl kanonizován spolu se svou manželkou Cunegondou. Jindřich, který je pohřben v bamberské katedrále, je patronem kostela svatého Jindřicha.

Chór (= oltářní místnost umístěná většinou na východě) byl postaven po roce 1400. V roce 1494 byl postaven malý karmelitánský klášter. V roce 1897 byla zchátralá loď zbořena a byla upravena současná západní fasáda. Kvůli zvýšení břehů Dunaje je nyní kostel pod úrovní ulice.
Vedle kostela se nacházel hřbitov, na kterém byli pohřbíváni utopenci, vyplavenci a chudí. Často se stávalo, že se v Dunaji utopili námořníci. Dlouhou dobu museli být voraři neplavci, aby v případě nebezpečí neopustili své zboží. V letech 1905-1936 stál na tomto bývalém hřbitově pranýř, který je nyní opět na náměstí.
V roce 1694 našel rybář v ústí řeky Enns sošku Panny Marie vyplavenou na břeh. Kolem tohoto "Maria Trost" se vyvinulo poutní místo, kam se konala i procesí z Pasova. Díky příjmům z darů poutníků patřil kostel v Heinrichsu k nejbohatším v Machlandu. V roce 1892 byla socha Panny Marie přenesena do farního kostela svatého Nikoly. Dnes socha stojí na severní stěně kostela, při stěhování byla značně upravena.
V 16. století byl Heinrichskirche kostelem mauthausenských evangelíků. V roce 1732 se mše v Heinrichskirche zúčastnil císař Karel VI (1685/1711-40), otec Marie Terezie (1717/1740-1780). Za císaře JOSEFA II (1741/1764-1790) byl kostel v roce 1786 uzavřen, ale po protestech obyvatel Mauthausenu byl v roce 1787 znovu otevřen. Gotický chór bývalého Heinrichskirche, který dnes tvoří kaple, je jednolodní s 5/8 zakončením. Polygon (polygon přes 5/8 zakončení) kryje valbová sedlová střecha. Hrotitě zaklenutou mělkou kruchtu uzavírá mřížová brána v barokním stylu.